Bien avant que les Cinq Nations ne forment la Confédération Rotinonhsión:ni, ils existaient comme un seul groupe iroquois.
À une époque de grands conflits et de pauvreté, on raconte qu’un jeune homme a proposé à son peuple de s’organiser en différents groupes et de s’éloigner de leur village.
Les anciens ont nommé ce jeune homme : Ro’nikonhrowá:nen.
Alors qu’ils quittaient leur village pour repartir à zéro, les gens rencontrèrent une rivière et essayèrent de la traverser. Alors qu’ils tentaient de la traverser, leur corde de vigne se brisa, les personnes se retrouvant ainsi séparées en deux groupes situés de chaque côté de la rivière. Ro’nikonhrowá:nen fit alors appel aux femmes, en tête de chaque famille, et leur demande de choisir un animal totem spécifique pour les représenter. Leur famille et celle élargie seraient alors associées à ces totems et ces derniers leur conféreraient leur nom de clan.
Les clans suivants furent ainsi formés : le Clan de la Tortue (Rotiniahton), le Clan du Loup (Rona’thahion:ni), le Clan de l’Ours (Rotihskarè:wake), le Clan du Castor, le Clan du Cerf, le Clan de l’Anguille, le Clan du Héron, le Clan de la Rapace et le Clan de la Bécassine.
À partir de ce moment, l’identification du clan passerait par la lignée d’une mère à ses enfants, et ainsi de suite aux générations suivantes.
Ro’nikonhrowá:nen expliqua aux différents clans, de chaque côté de la rivière, qu’ils étaient maintenant responsables les uns des autres quand ils étaient en deuil ou dans le besoin, fournissant ainsi un moyen d’organisation sociale basé sur les vertus de l’interdépendance et de l’entraide. De plus, chaque clan pratiquait l’exogamie, ce qui signifie qu’une personne ne pouvait pas se marier au sein de son propre clan.
Plusieurs années plus tard, les descendants de ces clans se sont séparés en Cinq Nations : les Kanien’kehá:ka, Oneida, Onondaga, Cayuga et Seneca. Le Kanien’kehá:ka a conservé trois clans : celui de la Tortue, celui du Loup et le Clan de l’Ours.
Finalement, les Cinq Nations ont commencé à se faire la guerre entre elles jusqu’à l’arrivée du Pacificateur. Le Pacificateur eut la vision d’unir les Cinq Nations en une seule famille élargie avec un seul esprit et un seul cœur. Quand le Pacificateur apporta le Kaianere’kó:wa (Grande Loi de la Paix) aux Cinq Nations, il utilisa le système clanique existant comme base pour l’organisation politique de la Confédération Rotinonhsión:ni.
Chaque clan fut ainsi représenté par un chef masculin, appelé Roiá:ner, désigné par une femme cheffe, appelée Iakoiá:ner. Il est également de la responsabilité de l’Iakoiá:ner de veiller sur son Roiá:ner pour s’assurer qu’il représente correctement sa famille de clan.
Le système du clan Rotinonhsión:ni existe encore aujourd’hui.
Les personnes issues du clan de la Tortue (Rotiniahton) sont les fondateurs de la nation Mohawk car selon l’histoire de la Création, l’origine de la Terre aurait commencé sur le dos d’une tortue.
Les personnes issues du clan de l’Ours (Rotihskarè:wake) sont connues pour avoir acquis les connaissances sur la médecine naturelle et traditionnelle. Ils sont également connus pour adopter des personnes qui ne sont pas nées dans un clan spécifique, mais qui ont réussi à passer à travers un processus pour obtenir un « accroché autour du cou »
Les personnes issues du clan du Loup (Rona’thahion:ni) sont connues pour être des personnes ayant des facilités en langue et en culture et possédant des connaissances sur les chansons et les cérémonies qui sont encore pratiquées aujourd’hui.